През 1615 година той написал писмо до Великата дукеса Кристина на Тоскана, в което разкрил своите възгледи за света и науката.

   Трудни били годините за Галилей, но въпреки че не срещал подкрепа, продължавал да работи. През 1616 година църковният съд (Инквизицията) наредил на Галилей никога да не говори или пише в подкрепа на Коперник, като го заплашил със затвор. През 1623 година негов приятел – Матео Барберино станал следващият папа (Урбан VIII). Възползвайки се от това положение, Галилей написал своята книга „Диалог за двете главни световни системи”, която станала в последствие най - известния негов труд. В нея Галилей изложил всички свои идеи, с което отново си навлякъл гнева на църквата.

   Съдът принудил Галилей да се откаже от своите твърдения, за да спаси живота си. Говори се, че в края на процеса промълвил „И все пак тя (Земята) се върти”. Инквизицията осъдила Галилей на доживотен затвор.